二、 任用贤臣
从万历二年(1574)四月起，万历皇帝便开始学着批答，才十二虚岁，还是一个乳臭未干的小孩子，就为国家的事情操心了。到万历五年(1577)，他已经能够每天亲自批阅一二本奏章了。熟能生巧,他也慢慢地摸出一些门道，发现一些问題，让一些弊政及时得到了纠正，还多次受到张居正的表扬。随着年龄的增长，学识也得到积累，朝会上得也多，对大臣们的奏对也能够从容应对了。
万历三年(1575)五月十四日，吏科给事中杨言出班奏上六事：一、就近迁改以免旷废；二、久任教职以育人才；三、清理军屯以足兵食；四、均平里甲以苏民困；五、严革诈伪以清驿递；六、禁止迎谒以息奔竟。他当场并表示深有同感，并明确的表达出他的意见，有意整刷，改变朝廷虚夸之风。
从登基到万历十年，朝廷大权实质上是有张居正把持着，一般人都认为皇帝只是个点头机器，傀儡。张巨正当家一点不假，但万历还是皇帝，一些重大的军国大事还要有他点头才行，顾命大臣即便是权威无边，像高拱这样一个气焰熏天的，有的时候，有些事，也必须经过皇帝，得到皇帝的同意。他们不过是一个高级打工仔，总经理，大明公司的董事长还是万历。有董事长坐镇，掌握好方向路线大政方针，具体干活的当然是总经理的事。他采纳了张居正提出的稽查章奏、随事考成的方法，作为一项法度确立下來，就是后人说的“考成法”，即：凡部院遇到下发的章奏、或奉旨，或钦依，转行各衙门，都必须先斟酌道里的远近，事情的缓急，定出日期，写于文簿上，月终注销。转行覆勘、提问、议处、催督、查核等项，另外造出二册，各自注明略节和原限，一送部科注销，一送内阁查考。各抚按奉行事理有迟延的，由所在部院举发；各部院注销册有隐蔽的，由科道举发；六科缴奏有隐蔽的，由内阁举发；每月一考核，每年一稽查。考成法的核心就是要课吏职，整饬中央及地方行政系统，使得各级政府和职能部门，分层负责，各司其职，府州县秉承抚按，抚按秉承六部，六部秉承发号施令的中枢内阁，内阁由张居正主持，辅佐皇帝治理国政，督责中外，期以声必中实，事可责成，层层相应，贯为一体,提高朝廷的办事效率，改变拖沓之风。经过尊主权、课吏职、明赏罚、信号令一系列的举措。向浮夸之风开刀，使朝廷的风气有了根本的好转。
当然，张巨正也得到了好处，把权力牢牢的掌握在他的手中。“明修栈道，暗度陈仓”，彻底改变了以前的明朝首辅的尴尬地位，具有了干部的考核和使用大权，他的政治智慧何等之高，而万历皇帝虽然是由于当时的政治形势需要，也大有用人不疑的味道。
朝廷还面临着冗官多、人浮于事，费滥，财政不堪重负等，由來已久，积重难返，是明王朝积累十几代而形成的。到隆庆时期到了非整治不可的地步，成为统治的严重障碍，给朝廷的统治带來许多的隐患。也不乏有识之士，多次向最高统治者建议。早在隆庆六年(1572)十二月，光禄寺卿潞王道奏请各库铜铁废器易值，审核内府匠作冒滥，裁减司牲冗员。万历元年(1573)六月，当吏部提出起复前南京兵部尚书刘采(1500，1573)等九十三人时，万历便提出一定要慎选毋滥，未予全部起复。他也觉得起复如此多的浮员，不一定是件好事，应慎重对待。万历三年二月谕令吏部，南京职务清简，官不必齐备，先朝就有一人兼掌六部的，自后南京官员出缺，非紧要的不必推补。万历八年(1580)六月，因沿边增设的兵备守巡及武职参游过滥，便下诏革去编制十七个。当年，甲字库太监王效等称阙岁额银珠等料，户部提出登基诏中，尽停不急之务，请令各监局所造器用，量为停罢，万历应允。
裁撤冗员是历朝历代坚持不懈的工作，出现这种情况的原因很简单。执政的时间长了，历史遗留问題就会多起來。他们可能在过去的岁月里为国家做过贡献，立过各种功劳，皇帝不能卸磨杀驴呀，保留他们的待遇，在政治方面有好处，偌大的一个国家也不在乎多几双筷子嘛。但明朝存在一个奇特的现象，自迁都北京以后，中央政府都有两套机构，北京中央政府有什幺机构，南京一个不少，南京的机构只是摆设，并沒有任何的实权可言，是个休闲养老的处所。不过，既然有人有机构政治待遇是不能少的，财政就需要多付出一笔银子，国家财政就是收入再多也不够支应这这些不必要开支的。
在中国几千年來都是“学而优则仕”，学生们苦读十年，头悬梁锥刺股，含辛茹苦，参加科举考试，一朝中举，光荣地走向仕途。明代的选举法，大体上包括学校、科目、荐举、铨选四个方面，科举必由学校，学校起家又可不由科举。随着时间的推进，日积月累，一些未走向仕途的生员越來越多。自嘉靖以后，生员中有的并无实学，每年要享受国家的俸禄，享受减免家人税收赋役的减免特权，除了少数考上进士，成了官员的，许多生员就开始不求上进，饱食终日，游手好闲，在地方上形成了一种恶势力，刁泼无耻，恣意非为，被称为学霸。一些提学官也无卓行实学，务为虚谭贾誉，担任儒学教官的往往是些衰老贫困之人，成了养老济贫之地，滥竽充数。通过张居正的奏疏和讲官的反复开导，万历认识到了问題的严重性和危害性，便大力支持张居正整顿学校，大刀阔斧的改革学政，裁剪生员，使学风得到根本的好转。
整顿学政是张居正一手策划的，除了势在必行不整顿不行了，为国家、为老百姓减轻一些不必要的负担，也有私心。他对这些生员和学官们越來越深恶痛绝，如刺在喉，恨不能将他们赶尽杀绝。万历初年，高拱专横，让李太后和万历心神不宁，坐立不安，张巨正和冯保联手将高拱打到，窃据了首辅的大位，实现了他的抱负。张居正上任以后励精图治，锐意改革，以雷霆之势，铁的手段，进行了一系列的改革，触动了大地主大官僚的根本利益，朝廷大臣和士绅们极为恼火，一时间，舆论哗然，反对张居正的声音日益高涨。一些人利用学校这块阵地频繁聚会大肆褒贬时弊，对张居正的改革进行无端的攻击，越來越强烈。张居正非常恼火，要借这个机会合理合法的整治他们，要剥夺他们享受的一些福利待遇，省得他们吃饱了喝足了无事生非，胡说八道。你过了嘴瘾，我断你的生活來源，看谁狠。
明王朝历來都是重文轻武，到了万历
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