时期，边备松驰也日益严重，军队长时间不训练，而政府在困难的时候连粮晌都不能保证，纪律涣散，战斗力日渐丧失。旧的问題已经得到解决，新的问題又随之而來，各地的农民暴动不断。先后有四川有都掌蛮的起事，广东罗旁徭的起事，在辽东，小王子和建州王杲部众十余万人也屡次入侵。朝廷用四川巡抚曾省吾(1532，?)、总兵刘显(?，1581)去平都掌蛮，调兵部侍郎凌云翼提督两广军务，讨平海寇林凤，进征罗旁、河池诸徭。为了对付这个局面，万历召宣大总督王崇古入为戎政、兵部尚书，起复兵部侍郎方逢时，总督宣大、山西军务。王崇古，字学甫，号鉴川，山西蒲州人。方逢时，字行之，号金湖，湖广嘉鱼人，都是嘉靖二十年(1541)的进士。俺答封贡时，他们一为宣大总督，一为大同巡抚，是他俩一道奏请促成并具体贯彻有关封贡事宜的，让他俩一主内一主外，也正是用之所宜，是一个绝好的搭配。另一项举措就是以抗倭第一名将而威震天下的戚继光(1528，1587)，总理蓟州、昌平、保定三镇练兵之事。抗倭名将戚继光先后在镇十六年，边备修饬，军纪严明，致使插汉土蛮与朵颜狐狸二部，屡欲入犯而不敢。继任者踵其成法，积钱谷、修险隘、练兵马、整器械、开屯田、理盐法、收塞马、散叛党，使蓟门数十年相安无事。
隆庆驾崩，留给万历的是一个烂摊子。财政危机直接影响到朝廷的安全，国家机器的运转。张居正采取量入为出、丈量土地、推行一条鞭法等经济改革措施，催征田赋和清理逋欠，规定隆庆改元以前的逋租，悉予蠲除，四年以前的免三征七，对拖欠七分的，每年带征三分，如果地方田赋不能如数征解的，唯当地官员是问，抚按听纠，郡县听调。将历年的欠税都收上來堵塞漏洞，增加国家的财政收入，也是无奈之举，对地方上缴的税负也作了很大的让步，充分考虑到一些确实存在的因素。中国是个中央集权的国家，国家的实力强大与否，朝廷的权威与财力不可分割。一旦发生战争、自然灾害，都需要国家用财力说话。藏富于民固然在理论上无可厚非，明朝的土地财富都集中在少数大地主，大官僚手里，他们靠瞒报，偷税漏税积累了大量的财富，国家有事绝不会把一根汗毛。朝廷的税负又不能少，地方政府就把这部分负担转移到无地的小民头上，劳苦大众不堪重负，生活日益艰苦，才有此无奈之举。
万历厉行节约，在节支上下功夫。改革驿递，改革学政，消除奢靡之风，可省则省，可罢则罢。这法子也沒有什幺稀奇的，沒有高深的理论，都知道，有的官员可能也实行过，但都沒有坚持下來，成为制度，坚持不懈。但确实是有利的，效果是明显的。张巨正最大的优点就是脚踏实地，从一点一滴的具体工作做起。至万历四年(1576)时，北京、通州的储粟足支八年之用，太仆寺亦积金四百多万两。万历五年(1577)，全年的财政收入为四百三十五万九千四百余两，支出为三百八十八万八千四百余两，有八十六万余两的结余。又在万历六年(1578)，下令在全国范围内开始清丈土地，到万历九年(1581)，土地丈量完竣：全国总计田地七百零一万三千九百七十六顷，比弘治时增加了三百万顷。在清丈土地的基础上，又在全国范围内推行一条鞭法的赋役制度，通计一省丁粮，均派一省徭役，将均徭里甲与两税合而为一。还简化了征收项目和手续，抑制了豪强漏税和官吏贪污的弊端，也在一定程度上减轻了贫苦下户和商人负担，相对松弛了对农民的人身控制，有利于商品经济的进一步发展和资本主义萌芽的产生对社会经济发展起到了一定的推动作用，促进了社会生产力的发展。
万历的头十年社会经济得到了空前发展，大明王国也有了中兴的的迹象，国富民强。经济发达，科学技术，文化艺术也得到了空前的繁荣。各位稍微注意一下，在当今的艺术品市场上，许多艺术品都是万历时期的。万历时期，在东南沿海的一些城市里出现了各种各样的作坊，为了扩大生产已少量的雇佣工人。东南沿海发达地区出现了一些纺织厂，有大量的雇佣工人。这些都要归功于这个时期的各项改革，极大的解放了生产力，促进了社会的快速发展。万历时期的中国已经出现了资本主义的早期萌芽，比发达的欧美还要早许多年。
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