11月6日的会谈成功，无论对于台塑还是大陆，都是一件大事。当日晚，国务院领导在钓鱼台国宾馆举行盛大宴会，招待王永庆一行，庆祝这次合作取得良好进展，并且大陆的工作班子已经准备好了各种文件等待签署。
可就在这时，台湾当局对于王永庆的举动大为恼火，认为带给台湾岛内的“政治伤害比经济伤害大”，于是台湾岛内传出了台湾当局对王永庆提出的处理意见，内容大致是：如果王永庆与大陆方面签署协议，那么台湾当局将停止台塑集团的股票交易、责令相关银行冻结台塑集团的资金往来、限制台塑集团高层人员出境。
王永庆闻知顿时既紧张又不安，但为了顾及台湾当局的过激反应，为了台塑的未来发展，同时更为重要的是，为了对几万名股东负责，王永庆于无奈之下只得在征得大陆方面的谅解后，决定暂缓签约。
因为历史遗留问题，台海两岸的沟通、交流一直存在着障碍。为改善两岸关系，促进两岸经济、文化的发展与交流，中国大陆政府在1979年提出两岸直接通邮、通商、通航。在这一方面，王永庆做出了非常大的努力。
王永庆是土生土长的台湾人。他在日本殖民统治时期出生在嘉义县，差不多在日本奴役下生活了近30年。后来又经历台湾光复、“两蒋”时期、李登辉时期以及民进党执政时期总共60年。不管台湾政治生态如何演变，他的爱祖国、爱家乡的情怀从未改变。他坚定地表示，他是炎黄子孙，两岸人民一家亲，血肉相连，兄弟情深。
每个人最怀念自己的童年时光，最深爱自己的家乡，王永庆也不例外，他深爱着台湾的土地，深爱着这片土地上的人民。尽管他也曾经受过一些委屈，但是这并不影响他对台湾不断繁荣富强、祥和安定的期盼。
他也曾经抨击时弊，甚至对台湾当局一些政策大唱反调，但是其出发点却是善意的，他只想能够有个合理的政策来合理利用台湾的资源、维护民族企业的发展、形成良好的社会风气。然而，王永庆能够在商场叱咤风云、游刃有余，到了官场却成了一个拙劣的学徒，不懂得迎合当权者的意思，屡屡呛水，对一些不好的政策，就无法控制地站出来责问。
由于肯讲真话，特别是在一些公开场合毫不留情面地抨击时弊，因此他经常遭到“政府”的打压。王永庆为了实现石化王国梦，他提出在台湾建立轻油裂解厂和重油裂解厂，这本来是件利国利民的好事，却由于私人原因，在台湾当局的阻挠下遭到了流产的命运。
蒋经国就曾经亲自过问此事，他对属下说：“不能任其发展，免得以后他做大了不好控制。”除此之外，王永庆提出的一系列建厂计划都遭到了当局的封杀，哪怕是极好极有见地的项目，也难逃厄运。
对于台湾当局领导人在“三通”上的只说不做，王永庆更是恼火异常，甚至当面警告说，当局如果不采取经贸开放的措施，台湾各行各业的发展势必受到严格限制，甚至窒息，后果不堪设想。
他说，如果台湾当局能够改变拖延“三通”的政策，促使两岸关系走向正常化，种种不便和损失即可望消除。在正常化的两岸经贸关系基础上，一切事务的进行就如同活水一般顺畅流通。不仅大陆台商在岛内的原料供应商可以省去赴大陆设厂就近配合的麻烦，世界著名企业的在台机构也会谋求扩充发展，甚至其他知名企业也可能到台湾设立营运中心。他希望台湾当局认清形势，采取开放措施，为台湾经济发展创造新的契机。
2000年11月，王永庆发表讲话说：“好多年没有三通都在通，通有什么危险？没有什么危险，政治的话会更安定，更方便节省，三通的话，我们的竞争力会更强化。”台湾领导人马英九上任前，就曾向王永庆请教，王永庆表示一再希望两岸赶快通。
2008年11月4日，海协会会长陈云林与海基会董事长江丙坤在台北达成了海运、空运、邮政、食品安全等四项重要协议。这意味着王永庆期盼的两岸三通终于实现了。
遗憾的是，享有台湾“经营之神”美誉的王永庆，于美国时间2008年10月15日凌晨在睡眠中安详辞世，享年92岁。他若有知，必然含笑九泉。
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