而万元吉的亲信张安本是汀州、赣州之间峒贼四营之一，勇猛善战，归降后建立过收复抚州的战功，并且把其他三营峒贼也招降了。元吉认为新军足可依赖，蔑视云南的部队，所以这云南的部队人心涣散。
但是张安的士兵本来就是贼盗，住到赣州照旧奸侮妇女，抢劫财物，派他们增援湖西时，一路所过之处都被烧杀抢夺光。这时满清部队来打吉安，其他各路士兵都不肯力战，而新军还在湖西。所以吉安城里的部队不战而溃，城被攻破。万元吉退驻皂口，向赣州送去檄文极力讲述云南部队弃城出逃的罪行，云南部队就干脆往西边走掉了。
七月，大清兵赶到皂口，万元吉无力防御，就躲进了赣州城。大清兵乘胜开到了赣州城下。
万元吉一向很有才干，办事精明勤快。等吉安失守后，士兵也不听命令了，他昏头昏脑地坐在城墙上面，对将吏一言不发。河对岸大清兵营扎遍了山麓，他都说成是空营。有士兵或有百姓从大清兵营中逃出到此的说起敌人力量强大，元吉都指斥他们是间谍，把人给斩了。江西巡抚刘远生命令一个叫张琮的将领带兵增援湖东，等赣州之围紧急时刘远生亲自出城到雪都去叫张琮。张琮的部队渡过河前进，到梅林时中了埋伏，大败而回，到河边时为了争船很多人死在河里了。刘远生恼火极了，于五月初一渡过河再次交战，他身先士卒，遇上大批部队的还击，他被抓住了，又逃了回去。
以前派到湖西的新军听说吉安失守又回了雩都。杨廷麟亲自去邀请他们过来，在梅林与大清部队交战，又失败了，杨廷麟于是疏散了新军，自己进城来和万元吉一起守城。自从刘远生战败以后，各地援兵都不敢向前去交战。
唐王听说赣州外围未下，就奖励、慰劳了这里的官兵，把赣州赐名为忠诚府，加封万元吉为兵部尚书，杨文荐为右佥都御史，派尚书郭维经过来支援。郭维经和御史姚奇元沿途募兵，招到八千人。万元吉的部将汪起龙率兵四千，云南援将赵印选、胡一青率兵三千，大学士苏观生也派来了这么多人，两广总督丁魁楚也派兵四千，杨廷麟又收集逃散士兵，得了几千人。这些部队先后来到赣州，在城外扎下兵营。诸将欲战，万元吉要求等水师来后一起进攻。当时中书舍人来以谔招募了三千砂兵，吏部主事龚盞、兵部主事黎遂球招募了四千水兵，都驻扎在南安不敢过来。
主事王其对元吉说“：水师将领罗明受是个海盗，凶暴难制，龚盞、黎遂球对他们就像慈母宠爱自己的儿子一样小心。况且现在水浅，大船开不过来，怎么能如约赶来呢？”万元吉不听。到十月份，大清部队听说水师要过来，就在江面上夜截纵火，烧毁了他们八十艘大船，死人无数，罗明受逃回，船上的火药、兵器全丢了。于是广西、云南部队不战而逃，其他部队也稍有逃散。赣州城里只剩下士兵四千多人，城外只剩下水师后营的两千多人。参将谢志良在雩都拥兵万余不来援救，杨廷麟调广西狼兵八千人翻越山岭过来，这些狼兵也不肯赶紧赴援。恰好这时又听说汀州被打下了，人心更加震惊恐惧。
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