有的矿山，那战后还得投入大量人力物力进行恢复，继续打下去很可能会得不偿失。于是，头脑清醒过来的朝廷在重新计算了得利害失后，果断放弃了征服日本的计划。作为替罪羊，力主发动这场战争的东院王被迫提前退位让贤。
与此同时，日本幕府的日子很也不好过，这场战争让依赖天朝的幕府威信彻底动摇，其财政更是捉襟见衬。心怀叵测的地方大名们更是想方设法让幕府的嫡系部队顶在前面与天朝东征军血拼，自己却躲在后头保存实力。幕府方面多次派人与天朝私下接触，主动表示希望能尽快停战。但各地的大名们上窜下跳了，义正严辞表示绝不向中国人屈服，并叫嚣着要把所有天朝侵略者都赶出日本才善罢干休。
在做出了要收手的决定后，天朝悄悄和幕府方面进行了沟兑。幕府军借口伤亡太大，要撤下去休整两天。天朝东征军趁机集中兵力狠狠收拾了几个不老实的大名，在主战最坚决的尼子和毛利两军被天朝痛殴之后{这两家是盯着石见银山眼红好久了}，反对停战的声音立马就消停了。
一直躲在后头出工不出力的岛津家玩得更大，趁着别人都在天朝东征军拼命，悄摸摸地派出一支精兵杀回了九州，想来个混水摸鱼。不料足利义材早有防备，他也留了一手，九州军的主力其实一直雪藏在家，准备借道四国玩个上洛。结果岛津军的精兵登上九州不久，就被闻讯而来的九州大军堵上了，足利义材甚至还派人与天朝私下联系，要求天朝舰队掐断岛津军的后路，来个关门打狗。这支只有几千人的岛津军见势不妙，很光棍地弃械投降了。
在压服了地方大名后，天朝和日本幕府举行了一轮漫长的和谈。经过来回讨论还价和争吵恐吓，双方最终签订了《天日江户条约》。天朝向日本郑重承诺维护其主权的独立与完整，并将此项条约向海外各国公布通报。日本则需按配额向天朝出售金银铜，天朝负责向幕府提供统一的货币。日本正式同意把肥前、石见、相模和四国划为对天朝全面开放的租界特区，天朝则要负责所招纳的移民和劳工都要向幕府交人头税{羊毛都是出在羊身上——这项条款让出国去挣血汗钱的日本人民对幕府痛恨异常，纷纷归化入籍天朝}。日本向天朝每年进贡精兵，作为回报，天朝也向日本幕府提供廉价的南洋大米和武器装备。此外，天朝向日本开放天竺和吕宋殖民地，允许日本在天竺和三宝颜设置海外大名{这两处土著人口太多，文化融合慢，换血成本高昂}。
足利义材最终接任了幕府大将军，他上任后第一件事就是与天朝私下沟兑，然后把一连五年的贡兵名额全部摊到了岛津家头上，逼得后者走投无路，不得不在天朝的斡旋下，放弃了全部封国，带领所部兵民移殖天竺。岛津家在天朝的扶持下，与印度教维贾亚纳加尔帝国结盟，从巴马尼苏丹王国手中夺取了果阿，成功地站稳了脚跟，随后依靠奴隶和棉花贸易迅速发家致富，成为了日本第一位海外大名和后来者的榜样。其后不久，闹起了内讧的细川家也被幕府抓到小辫子，给赶到三宝颜。接下来是三好家和赤松家，都扔到了天竺。
在“削藩”道路上快步前进的幕府，激起了大名们强烈的反抗。足利义材再度被放逐到保和岛，足利义澄上位。但是足利义材就象是一只打不死的小强，三年后足利义澄在镇压一向一揆的作战中意外身亡，足利义材又在一支佣兵的保护下杀了回来，这次他玩得更狠，以四国和九州两岛为抵押，换取天朝的支持和贷款，成功重新上位。然后这家伙又故态萌发，开始搞削藩，结果没过四年就不明不白地死于“失足落水”。幕府重掌权威的最后努力也以失败而告终，日本从此进入了一个纷乱的战国时代，幕府大将军换了几茬，失败者都被赶到了海外，现在貌似日本国内是四将军并立，分别是征夷大将军毛利、讨夷大将军德川、平夷大将军上杉和破夷大将军伊达。日本海外大名目前最有名的是天竺岛津氏和三好氏、河中武田氏和北条氏、三宝颜织田氏和尾张氏，他们都毫无例外地成为了天朝的附属和忠实走狗。
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