定，将会分别归属大都督府中的总监军部和独立的军种总部，军人涉军刑事犯罪行为由军事司法机关负责。
文选清吏司，自然是要保留的，兵部依旧保有对中下层武官的人事权力，不过只是有限制的职位调动权，也就是负责将领在军种系统内轮换，这个权力，目前还掌握在皇帝手里，文官们也是看不到的。
理所当然的，不用多说，高级武将的人事任免权力，直接掌握在皇帝手里，兵部只有建议权。
把这些改制计划都公布后，朱皇帝很快说出了对兵部的加强计划。
“营兵后勤补给目前没有统一的领导，主军有管粮郎中负责，客军虽由兵备、守巡道等员负责，实际却时常不能顾及，朕深为忧虑，因而想在兵部新设一后勤司，统一管理全队作战后勤。日后将相机于京外各要害处，设立后勤司仓库，负责接收、存储和分发粮草、弹药和武器等一切军需后勤物资。”
在座的都清楚客军补给困难这个大问题，对此自然是赞同的，作为兵部尚书的熊廷弼更是清楚，这是进一步加码了兵部的权力，这个后勤司，比起职方司，权力一点都不小。
于是熊廷弼的脸上立刻就浮现出了笑意，这一下，兵部对是否发动战争的话语权，就又大了不少。
也只有汪应蛟有些不满，管粮郎中属于户部外派人员，他的权力又被砍了一刀。
这一系列的改制，朱皇帝自然是经过深思熟虑的。
军事司法有其专业性，设立专业的军事司法机构，加强军事司法建设当然是必须的。军官战功和基层军官评级，这也是专业性很强的内容，由文官负责是极为不负责任的。
总的来说，他还是维持了文官政府控制军队后勤以及人事权力的现状大体不变，现代国家大部分都是这样运作，文官政府控制军队，这个大前提本身没有什么问题。宋明完全是搞得走火入魔，让文官直接兼职统帅，才出了大问题。
这一系列的制度建设，并不是一道圣旨下去就可以完成的，他自然还得做很多的功夫，还要花很多的时间才能在人才储备几乎没有的大明把这些都落实。
朱皇帝也很清楚，大明的军事建设，也不是搞出一套严密的制度，就万事大吉的。制度从来不是万能的，后世被某些人吹上天的灯塔国，其国防部里头天价的手纸，论亿算的去向不明的资金，都一样没人敢真查。
大明现在是腐朽透顶，制度看起来烂极了，但在国朝初，这套制度不一样很好地击退了蒙古。
在他看来，一个基本上在进步的大环境才是最重要的，制度是人定的，它总是有漏洞的，大环境出了问题，制度再好，也一样没有什么用处。
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