转往位于马里兰州迪崔克堡的黑色守望基地，并在那里产下一名男婴，黑色守望赋予其代号pariah（意为“贱民”，网上有人认为是randall，但绝对不是），并将其从母亲身边带走（此孩子的命运暂且按下不表）。greene在随后几十年中属于与外界完全隔离的情况。有证据显示，她在此期间没有成长发育，没有流汗，没有肌肉抽搐，甚至没有眨眼，处于完全静止的状态，好像在等待着什么。
elizabethgreene被称作天然的病毒库，各种病毒的变异菌株在她的身上源源不断的产出。
1989
时间到了1989年，raymondmcmullen博士（雷蒙德·麦克马伦即游戏中用枪自杀的眼镜男）创立了gentec，并成为了黑色守望的下属研究机构，他认为黑色守望短视，认不清黑光病毒的价值，于是重启黑光计划，并将elizabethgreene转至gentec的研究中心，从她身上研究病毒的新进化品种（其中即有最为关键的d-1118号病毒）。并在后来招募了“主角”alemercer，以及后来成为ale女友的karenparker（卡伦·帕克，即游戏中的金发ol）。之后，黑色守望发现gentec重启了禁忌的实验，意图弹压，此时的alemercer也察觉到了gentec公司对待某些知道过多科学家的方式，为了活命ale偷取了一瓶病毒样品，希望以此为筹码换取自由，却在车站遭遇了前来拦截的米军特工（一是黑色守望人员，但是根据游戏内的法，应该是米**方人员无误——以反恐的名义）。走投无路的alemercer摔碎了瓶子释放了病毒，自己也被当场射杀。由于是在车站，当时就有许多市民被感染，曼哈顿的大规模疫情暴发也就此埋下了伏笔。
alemercer在车站被射杀的时候就已经身亡，接下来在停尸房醒过来的，大家一直在游戏中*控的东西根本不属于人类，它是破碎瓶中的病毒沾上ale尸体之后对其外形及性格的继承，游戏标题“原型体”也指的是他。在游戏的某关，也可以听到将军的话：“不！已经不能用 他 来称呼！应该是 它 ！”后来的电话中，也可以看到ale和他的“合作者”的对话：“啊…你已经不是人类了，你是黑色守望者的病毒而已。”
至于前文提到elizabethgreene等待的东西，即是“原型体”对她的释放，而greene的台词”iamyourmother”并不是指“原型体”是她生下的那个婴儿，而是指原型体病毒来源于她。
游戏越发展下去，游戏的内涵也就越明了：人类对于自己犯的错误只是掩盖再掩盖，实在掩盖不住了，就不惜代价毁掉。而刚刚出生18天的病毒“ale”却知道要保护某些东西：保护自己的“妹妹”，保护人类文明不被毁灭（游戏最后，曼哈顿就要被军方用核弹毁灭掉），不在重踏希望镇的悲剧。这些，不得不佩服剧情的编辑者。
剧情编辑
黑光病毒最初来自于希望镇实验的成功品，随着希望镇的陨灭，它与elizabethgreene一同销声匿迹了0余年，直到mcmullen博士将其重新启用。整个计划本来进展的有条不紊，但还是泄漏了。得知如此危险致命的病毒与一直受非人折磨研究的elizabethgreene的alemercer决心将此事曝光天下，但却不幸成为了黑色守望与gentec的牺牲品。最后alemercer被*无奈将病毒摔在地上，惊怒之下的黑色守望士兵枪|杀了ale，但是他们没注意到ale倒在了碎掉的病毒上。
ale最后在黑色守望的停尸房里醒来，迅速逃出去后发现病毒已经感染了他，不过他却仍然清醒，且外形没有多大改变。之后在一次次战斗中解锁黑光病毒的种种神奇的能力——将身体部分改造成武器，特殊的视野以及行走滑翔于高楼大厦之间的能力。
不过，虽然大部分黑光病毒是被ale吸收的，还是有一部分传了出去，经过一传十，十传百的感染，形成了庞大的感染者帝国，有像丧尸的普通感染民众，强壮善弹跳的爬行者等等。这个感染者帝国渐渐可以与黑色守望抗衡，甚至在游戏后期可以压制。而黑色守望的原型体——alemercer，行走于感染者与黑色守望之间，与他们保持既是敌人也有时是同盟的诡异关系。因为ale的意识较其他感染体完整的且外表和人类一样，所以可以被认为是人类；但是他同时也是黑光的感染原型体，所以他是感染者也不为过。[1]区别编辑
黑光病毒，其实和红光病毒的差别不大，其实可以红光病毒是更为成熟的黑光病毒，这也许就是詹姆斯·海勒和亚历克斯·莫瑟所感染病毒的区别。这大概就是j叔最后能打败a哥的原因。
4特性编辑
作为被用作武器的病毒，黑光病毒在我看来是一种实用性极为强大的病毒，并且其感染者我个人认为更胜于生化危机、求生之路的感染者。
感染能力黑光病毒的感染能力其实吧，就是和生化危机浣熊市那会的感染范围相同；曼哈顿区少也有超过100万人，在亚历克斯打碎装着黑光病毒的瓶子之后有少数的病毒传了出去，经过一传十、十传百········直到感染蔓延到了整个曼哈顿区。
但是在黑色守望迅速封锁了曼哈顿区之后，黑光病毒继续向外的扩张就得到了抑制，然后黑色守望的军事人员和美国陆战队马上进入曼哈顿区进行清剿，所以黑光病毒的感染能力就是明显弱于其他生化类型的游戏——“只是感染了一个区区曼哈顿”。
然则在游戏中黑光病毒并不是为感染而生的，只不过是亚历克斯自己打碎了瓶子释放了病毒，所以黑光病毒的感染能力只能算是中等。
自然感染者黑光病毒的感染和其他游戏的感染者形象大有不同。
首先是丧尸，一般来黑光病毒所感染的丧尸也是对新鲜的血肉感兴趣；其对新鲜血肉感兴趣的原因几乎和其他游戏如出一辙：病毒的感染受到人体免疫系统的阻挠。免疫细胞会试图将已被感染的细胞杀死，而且通常采用的是“同归于尽”的方式，这就导致人体出现大量坏死组织。为了修复组织的损失和恢复免疫系统的功能，就需要大量的食物提
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