般自大的家伙都还没说什么没有不明白的事情，若不是时间紧迫，事件焦急。小智真想让小茂和秋叶原博士辩论一番。
小茂不知道自己逃过了一劫，还在那里研究3d龙作为一个完全有虚拟数据构成的虚拟小精灵，是如何存在在这个现实世界中的。
小智那边，秋叶原博士为他们解释了故障发生的原因。原来，是有个奇怪的组织抢走了秋叶原博士的3d龙零号机，利用精灵球传送机进入电脑世界里。秋叶原认为，是这些人在电脑世界里，偷了传送的小精灵。
小智等人听完后，皆是想到了一伙人……在听完秋叶原博士的话以及秋叶原博士利用影像给他们模拟出来的视频后，彻底肯定了这伙人，火箭队。也只有火箭队他们会干这种偷鸡摸狗的事情。
秋叶原博士没有理会小智他们的切切私语，而是告诉他们如果放入疫苗程序后，在电脑世界里面的人会被炸成碎片。
秋叶原博士表示，自己很困扰，那毕竟是三条人命。小智开口询问对方有没有解决的办法。
秋叶原博士告诉他们，并不是没有办法，只要有人愿意用这台机器到达电脑世界，然后将里面的那伙人带出来，所有的事情就都解决了。
小智听完后，知道了事故的真相，便打算回去了。然而，小茂却是开口了“只怕秋叶原博士根本就没有想放我们走吧？”
“小茂，你别乌鸦嘴啊！”小霞本身就有种不好的预感，此刻小茂一说，那种感觉更强烈了。
“秋叶原博士之所以把我们关在这个机器里，就是打算让我们进入电脑世界，去把火箭队的那帮人带出来。且不说那是三条人命，再者说，这么危险的发明如果被太多外人知道的话，也有一定的危险性。想来想去，也只有我们这群倒霉的撞上来的孩子靠谱一些。”小茂平静的看着那个影像。
“哦？你脑子倒是转的很快，放心，你们是第一批正式进入电脑世界的人类。为了科学的进步，你们要自豪。你们的名字将会记录在科学史上。”秋叶原博士的语气依旧是那般的激动。仿佛看到记入历史的那一刻。
“好了，各位走好！”秋叶原博士认为，该解释的都已经解释清楚了。便伸手打开了放在电脑旁边的精灵球传送机的开关。
3d龙像是习惯一般的站在静电区，随后像是化成灰一般的在小智等人面前消失。之后，小茂和小智一起被筛选中，而小刚和小霞则是在小智他们腰部以下都消失后，开始传送的。皮卡丘、伊布和利欧路作为小精灵，自然在机器开始运作的时候，便进行了传送。
在一阵天旋地转，小智等人宛如被吐出去一般的掉落出去。在重力的作用下，越落越快。就在小智等人以为自己要被摔死时，一道粉影接住了他们。
抬头看去，正是最先被传送过来的3d龙。小霞感谢向3d龙表示了感谢。3d龙眼睛眯了起来，似乎很开心。
3d龙驮着小智他们缓慢飞着，在他们四周有着闪烁着漂亮光彩的道路。那些路就是网络高速公路，也就是传送着精灵球的东西。
小智等人找准了一条传送精灵球的路，打算跟着那条路去寻找火箭队他们。
3d龙顺着小智他们所说的那条路赶去，不意外的看到了悠闲吃饭的火箭队三人。在他们身旁堆积着数不清的精灵球。
小智对于火箭队他们总是惹出的这些事事非非很是厌烦，而火箭队呢，对于总是来搅乱他们好事的小智一行人很是不满。两句话没说上，火箭队就直接派出了双弹瓦斯和阿伯怪。
双弹瓦斯使用烟幕，打算让阿伯怪偷袭小智他们。3d龙略眯了一下眼，锁定双蛋瓦斯，使用了换装。在无视了烟幕对它的干扰后，直接使用了冲撞。
双弹瓦斯被撞飞，直接撞在了等待攻击的阿伯怪的身上。阿伯怪向后倒去，将身后不远处的武藏和小次郎撞倒在地。
就在小智等人好奇到底发生了什么的时候，3d龙身上突然冒出一个显示屏，秋叶原博士为他们介绍道“3d龙刚刚使用的是叫变性的绝招。3d龙可以复制其他小精灵的属性，贴在自己的表面。”
喵喵听到秋叶原博士的花后，气愤的喊道“既然这样的话，我们也用3d龙战斗吧。”
武藏迷迷糊糊的抬起手，丢出一个精灵球喊道“3d零号机，去吧。”
小智他们快速的从3d龙的身上下来，3d龙初号机和3d龙零号机在电脑世界打了起来。一个变成矛的话，另外一个便变成盾。二者相持不下，这样下去根本就分不出胜负。
秋叶原见小智他们忘记该干什么了，赶紧提醒小智他们，趁机会去把拦住精灵球的栅栏清理了。
小智这才想起来他们来是为了处理精灵球消失的问题。小茂尴尬的摸了下鼻子，虽然他记得他们来是干嘛的，但这么好的一个收集数据的机会，就这样错过了。略有些不甘心啊。
小智四人快速的撤着栅栏，火箭队见精灵球都开始四散飞去，急忙跑过来补救。皮卡丘和伊布见此，连忙使用电击和高速星星来阻止他们。
利欧路见守护没自己的事，便主动去帮小智他们搬栅栏。火箭队是又被电又被打，好不容易缓过来，3d零号机也被3d初号机撞落下来，落在他们身上。顺势将他们打飞出去。
在小智等人获胜后，秋叶原博士像是发现了什么一般的离开了。給人的感觉很是慌张。在搞清是神奇宝贝中心那边的问题后，秋叶原博士立刻打电话给乔伊，询问对方对自己的传送程序做了什么。在听到乔伊说，小精灵中心派人来安疫苗系统，进行强力杀毒，秋叶原博士不由惊呼，他们好不容易将火箭队打跑，马上就要将道路清理干净的时候，居然来了一个强效杀毒软件！
意识到事情要遭殃的秋叶原博士快速的去通知小智他们。小智等人还来不及惊慌，就听到原本安静的电脑世界突然响起了警笛。
只见那个疑似救护车的疫苗程序，在发现他们的瞬间，便让程序瞄准了他们。准备清理，小智急忙让3d龙过来，然后乘坐上去。
3d龙飞起后，刚好看到了往这边赶的火箭队一行人。武藏还不知道发生了什么事，依旧在哪里叫嚣着，要和小智他们进行决斗。
小智大声的喊道“你们还不快点逃走的话，就会永远都回不去现实世界了哦！”
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