在赢得了橘子联盟胜利者杯后，小智他们决定在柑橘岛休息一晚上，第二天再回真新镇。
小智回到神奇宝贝中心后把皮丘从小建那里接了回来，并重新交换了神奇宝贝，现在小智带的神奇宝贝皮丘、吉利蛋、大比比鸟、大铁甲暴龙和乘龙，其他的都传送回大木博士研究所了。
晚上，在小智他们都睡着的时候，突然有人叫醒了小智。
“超梦啊，怎么了？”小智揉了揉眼睛看着把自己叫醒的超梦问道。
“出来一下，有点事要告诉你”，超梦通过心电感应对小智说道，小智也穿好衣服跟着超梦到了外面的草地上。
“什么事啊？”小智坐好后就问道。
“我感觉到了有几个强大的能量在那里”，超梦指着小智的手表说道。
“强大的能量？”小智一边问着一边纳闷的点开了手表，出现了虚拟的屏幕，“哪里啊？”小智一边翻着一边不解的继续说着。
“那里，我感到有好几个不比我弱的能量”，超梦指着屏幕上的‘神奇宝贝’一项说道，而超梦平时就住在那里的。
“这是……”，小智疑惑的点开了‘神奇宝贝’那一项，出现在小智眼前的不再是只有超梦和问号了，而是有好多的神奇宝贝，“是我曾经在游戏中收服的神奇宝贝，从1号一直到649号，而且还不乏闪光（因为xy还没有公布所有的精灵，所以这里先暂时写到649，等xy出来后，会改的，之前的章节也会随着xy公布的时候有所更改的）”，小智看到所有的神奇宝贝后，非常的激动，小智又点开神奇宝贝蛋存储箱，里面满满的都是神奇宝贝蛋，然后小智小心的选择了一只神奇宝贝，出来的是一只狩猎球，“出来吧，百变怪”，没错，小智拿出的是一只闪光的满级百变怪，而之所以拿这只是因为，小智有好多的神奇宝贝都是通过它来生蛋的。
“你好啊，百变怪”，小智高兴的和百变怪打招呼说，而百变怪也高兴的爬上了小智的肩膀。
“超梦，可以听一下我的故事吗？”小智看着一旁的超梦说道，“我其实不是这个世界的人”，看到超梦点了点头，小智于是继续说道，“在我以前的世界，神奇宝贝只是游戏和动漫中的，而我现在的身份也只是动漫中的主人翁，我以前很喜欢神奇宝贝，而这些就是我以前的伙伴”，小智指着百变怪说道，“也许你不太懂是什么意思，不过现在我已经融入这个世界了，你只要相信我会更加的喜欢神奇宝贝就行了”，小智最后对超梦说道。
“真是不明白你说的是什么，不过也不管了，既然已经跟着你了，就只好支持你了”，超梦随后说道。
“对了，超梦，它们是什么时候出现的”，这时小智问出了一直困扰他的问题。
“就在你接过胜利者杯的奖杯时，它们就突然出现了”，超梦回答小智说。
“在那个时候啊，难道是我把关东联盟和橘子联盟都打赢了后，终于到达可以使用它们的训练家等级了吗”，小智突然想到，也只有这个可能了，反正不管怎样，这些神奇宝贝可以跟随自己了，不过在这里对战还是收服新的神奇宝贝比较好，毕竟满级的神奇宝贝去和人家打有点太欺负人，而且也没什么乐趣了。
“好了，我要回去了”，超梦说完就消失了，而小智也被百变怪收了回去，回房间睡觉了。
“小智，我们要怎么回去啊”，第二天早上起床后，小霞对小智问道，毕竟一切都结束了，总不能在接着乘着乘龙慢慢的回去吧，那时间也太长了。
“到凸橙岛去坐回真新镇的联络船就可以了”，小智随后回答说。
“我们赶紧走吧”，而小建则是急着见大木博士，于是催促说。
“出来吧，乘龙”，随后小智就派出了乘龙，“乘龙，拜托你载我们去凸橙岛”，小智随后说道，而乘龙也非常高兴的回应的叫着，大家就乘着乘龙出发了。
不过当大家到达凸橙岛的时候，认识了强哥，并且知道这个岛已经到处都是顽皮弹了，而强哥则是被聘请来的地鼠训练家，在知道了联络船只能在顽皮弹事情解决之后才能开之后，小智他们只好帮忙了，而这个过程中火箭队照样来捣蛋了，不过在强哥的三地鼠和小智的大铁甲暴龙的帮忙下再次无功而返了，傍晚时分，顽皮弹们终于在地鼠的工作下全部转移到了凸橙岛后方的草原，去好好的生活了，而这座岛上的人也回来了，小智他们告别了强哥，顺利的搭上了会真新镇的联络船。
“是真新镇耶，我们终于回来了”，第二天，下了联络船后小智一行人终于走到了真新镇，看着前方的真新镇，小智激动的说。
“皮丘~”，而皮丘也非常高兴的叫着。
“你看，波克基古，是不是很怀念啊”，小霞也对飞走旁边的波克基古说道。
“叫尅古~”，波克基古也开心的叫道。
“大木研究所就在这个地方啊，可以见到大木博士了，我好期待啊”，而小建则是兴奋的说道，“我得把这些要请他看的报告先准备一下，要选那一本呢，又不能请他全部看”，小建突然坐在地上，拿出一摞又一摞的笔记本翻着说道。
“我想，到家里以后再选吧”，小智看着忙着的小建非常不好意思的打断他说道。
“就是啊，小智的妈妈也在家里等不及了”，小霞这时也说道，不过她好像还没意识到这次是见家长耶，虽然上次在亚细亚岛见过，不过那次因为大木博士走的急，没有说上什么话。
“对啊，真是抱歉”，小建抱歉的说道，随后大家就一起向小智的家走去了。
“我回来了”，小智推开自己家的们喊道。
“欢迎回来”，不过从里面传来的不是小智妈妈的声音，而是一个男生的声音，小智当然知道是小刚回来了。
“啊，小刚？”小智他们走进里屋后，小霞就看到小刚正穿着围裙干活呢。
“小智、小霞啊，好久不见了”，小刚回答小霞说道，“波克基古好吗？乖啊”，小刚又对着波克基古说道。
“说什么乖乖啊，你为什么会出现在这个地方？”小霞继续问道。
“你就是小建啊”，不过小刚对着一旁的小建说道。
“你好，请多指教”，小建礼貌的打招呼说。
“小刚，
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