到了第三天，城内铁路的枕木已经被大量撤卸，运输到岸边捆扎木排，36师焚烧所有战船使得每天向北岸转移的伤员从万人急速减少到每天只能运送2000人，这两天的据守为抢造木排赢得了时间，现在一天一夜已经可以转移伤员达到5000多人，虽然大大减少，但是撤退工作重新恢复了正常有序的进行之中！
张灵甫在突击作战中身受重伤，一条腿被机枪子弹打断，虽然他强烈要求继续指挥作战，彭小文依旧命令卫队带着他先行撤离，这条腿如果保不住，那今后才真是麻烦！
305团连续打了几场恶战，全团12个连长已经有5人阵亡，伤员已经达到千人之多，彭小文命令张灵甫的副官刘光宇带两个战斗连护送张灵甫，连同所有伤兵，当晚撤离，另外一个营左右的兵力，就直接补充进了自己的独立团，归自己直接指挥！
依托城墙坚守了四天之后，彭小文依旧没有等到邱清泉进城，教导总队三个旅九个团，生生在紫金山阵地和日军拼掉了五个团之多！遵照命令撤退进南京城的，只有不到两个团的兵力，邱清泉依旧带着不到两个团左右的残兵在紫金山与日军拼命！
不能再这样白白地消耗了！
按照计划，74军的第51师和第58师、第87师、第88师，这些主力部队在完成了第三道防线的坚守之后，又主动参与了依托城墙防御，打到现在，已经把老本拼的差不多了，这些部队全部利用木排进行转移，这几天里，南京城内的枕木几乎全部拆卸一空，每天的转移量也增加到了7000人左右，这几天转移走了大量的伤员，除了孤悬紫金山的教导总队之外，现在74军的两个师、第87师和第88师的指挥系统已经全部实现转移。
新编第十五军团的第107师、第108师、第112师，兵力三万余人，依然建制完整！
乌龙山要塞的江防军第103师剩余约3000人撤进城内，103师的指挥系统以及主力团跟随伤员撤走，剩余的2000多人连同教导总队两个团的残余部队，以及87师、88师、74军自愿留下来的残部，全部人员5000多人，整编成暂编独立二团，直接划归新编第十五军团，彭小文直接把郭啸天调到了暂编独立二团任代团长，下辖三个营，秦川、王一凡和马红飞分别担任代营长，陈天河、刘惊云、谭十雨、李腾龙全部安插到独立二团担任连长；
预十师收容除嫡系中央军部队之外的其他部队，兵力已经达到9000余人，彭小文将廖耀湘任命为预备十师代师长；
快反师的三个团加上一个加强营，随着邱清泉指挥教导大队，张灵甫重伤撤走，只剩下4000多人，彭小文命令暂时取消“刺刀”和“尖刀”的建制，全部整编成独立一团，两个副团长依旧是彭虎和宋万虎，将边建光提升上来，顶替郭啸天，担任三营营长，自己依然兼任该团的团长。
至此，南京城内边打边整编的工作已经完成，107师、108师、112师、预备十师，以及两个独立团，另外还有萧山令的两个宪兵团6000多人，现在也已经交给了彭小文直接指挥，总共五万四千人的战斗部队，现在已经完全由彭孟镇、吴克仁和彭小文全面掌握！
伤兵已经大量撤退，但是依旧在每天大量增加，现在仍然有一万三四千人左右，这些伤兵目前也已经全部编制成为新十五军团的预备十一师，在宪兵团的组织下有序撤退到北岸，等待与大部队会合！
彭小文趁乱整合和收编，并且及时电告蒋介石整合进展，这次就不光是体现出作战的手段，还体现出了治军的手腕！报告蒋总司令，唐生智带头脱逃，请求严惩！南京城虽然在此影响下出现了混乱和颇多伤亡，但是局面已经迅速控制，现请求放权！让新编第十五军团放开手脚，把接下来的战斗干净利落地打完！
表达完效忠之后，彭小文开始要权了！
鉴于唐生智孙元良的退缩，蒋介石十分恼火，他已经电告彭小文，没问题！我给你授权！彭小文你好好打这一仗，就按照你的思路，巷战大量杀伤，陆续组织撤离，等别的部队到了北岸之后，我把72军和88师的番号，还有那些表面效忠，妄想“保全实力”的部队，我把他们的番号，全都娘希匹的裁撤了！
彭小文你好好整备部队，一年之内，我把这个72军的番号给你！全副德械装备，我给你三个师六个旅十八个团的番号、编制和装备，另外把快反部队作为一个军属独立旅三个团的建制也安排进来，二十一个团再加上炮兵、辎重、工兵、通信、搜索、骑兵等直属部队，我一定把你的部队打造成与胡宗南的第一军和俞济时的74军同样规模，甚至比他们的部队规模还要强大的“御林军”！给我争气，把南京这一仗打好！
唐生智到了北岸之后惶惶不安，向老蒋报了个平安之后，接到了一纸电令，“南京城防司令部”即日裁撤，免去唐生智南京城防卫戍的总司令任命！
同一天，蒋介石的第二道命令，就是公开枪毙韩复渠！
历史上韩复渠在军事会议上还曾经质问，南京丢失，谁负责？而这一次，他连这个质问都说不出来！
一天之内，枪毙一名上将，撤职一名上将，举国震动！
不仅如此，蒋介石授命新编第十五军团全面负责南京保卫战事宜，第十五军团指挥部代行南京城防长官部之职责，十五军团军团长彭孟镇上将，兼任南京城防总司令，副军团长吴克仁上将，兼任南京城防副总司令，参谋长萧山令，兼任南京城防副总司令和参谋长。
任命彭小文为十五军团副参谋长，坚韧南京城防副参谋长和作战室参谋主任！
老蒋手令：“对南京城防事宜有一切先斩后奏之全权，如何组织攻防和撤退，不必向军事委员会请示，无论坚守几日，新编第十五军团都是我民众之英雄！军人之楷模！期待重挫日军，扬我军威！”
经过了几天的混乱和整理，南京保卫战的最后阶段，重新又开始清晰地回到彭小文能够把握和掌控的节奏之中！在大战之际用如此快的时间完成番号的整编而且指挥系统不乱，简直是个奇迹！
南京，在城防坚守的第五天，彭小文用自己“南京城防司令部副参谋长”的名义，命令邱清泉带着残余部队进入南京！派出廖耀湘率领预十师进行接应，已经有了尚方宝剑的彭小文，再懒得跟这个家
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