故事中张起灵的出现形成了本书最大的迷团，这个故事有两个版本，一个三叔的忽悠版本，一个是三叔历尽波劫后坦诚的版本，到底有多少是真实的，现在还不知道，因为在三叔心中，必然还有一个巨大的秘密，而这个秘密从现在看来，似乎和吴邪有关，所以从三叔口中得知西沙完全的事实，似乎并不现实，吴邪只有去找三叔之外的幸存者。
第四个故事，发生在山东的七星鲁王宫内。
这是本作的第一个故事，也是吴邪的第一次下地，经历过这一次后吴邪从坚定的无神论者变成了神经病者，参与到这种犯罪活动中实在是好奇心作怪，这个故事中，靠着闷油瓶的力挽狂澜，吴邪们最终逃出了生天，由此之前的三个故事，通过这个故事有机的融合到了一起，战国帛书，西沙海底时间，莫名的丹药，几条线索聚合，整个故事开始极端的扑朔迷离。
第五个故事，重新回到了西沙外海。
这一次是吴邪自己再次进入到汪藏海的墓穴，时隔又将近二十年，寻找消失在墓穴中的三叔，此时的三叔，已经从海底得到了天宫的线索，开始了云顶天宫的计划，而吴邪们还像傻瓜一样，进入到了里面，这是一次于汪藏海相隔千年的博弈，最后是王胖子的不拐弯的思维，让吴邪们再次活了下来，在这个故事中，本作中的三股力量终于汇聚到了一起，谜团开始发展，追求真相的吴邪们，有着自己计划的三叔以及前几个故事中阴魂不散的海外力量，在这里第一次面对面的开始了较量。两条主线中，故事顺着汪藏海千年前写好的剧本发展了下去。而另一条暂时中断了。
第六个故事，秦岭神树
这是诟病最多的一个故事，编辑们认为最好，最有文学性，读者认为不知所谓的一个故事，这个故事和主线关系不大，只是引出了山底下巨大的青铜古迹，同时也让主角的能力得到了提升，在这个故事中，吴邪独立带领着心怀不轨的童年好友，深入到了秦岭深处，这个故事对于吴邪来说，有时候想想，好比是一个长长的梦，大有不真实的感觉。
第七个故事，长白山，永远的云顶天宫。
这是最艰难的探险，也是吴邪写的最痛苦的一篇，
盗墓笔记2——修订版
各路人马带着各自的谜团走上死亡之路，漫天的白雪，狭窄雪域中的痛苦跋涉，在雪域中，吴邪们找到了一千年前汪藏海试图留给后人的终极秘密，然而，这个秘密在地底巨大的青铜门之前，戛然而止，深入到地底巨门中的张起灵，似乎是唯一一个最贴近这个秘密的人。汪藏海的主线到了这里停止了，铁面生的主线重新开始。
第八个故事，就是蛇沼鬼城。
由线索拼接成的另外两个故事，贯彻了整个故事，第一个是汪藏海的传奇，吴邪整理出来之后，发现是绝题材，用古龙的风格来写，必然是一本奇书，吴邪有生之年一定要把它写出来。
第二个是现在开始慢慢成型的，铁面生的故事。
现在你可以清晰的看到了故事的原点，山中的巨大青铜神迹和蛇沼鬼城背后的秘密，而历史上，有两个超越时代的人，窥得了这个秘密，一个就是战国时代铁面生，一个就是明初的汪藏海，从现有的资料来看，吴邪们并不知道他们之间有没有直接的联系，但是可以看到的是，铁面生必然应该有更加丰富的资料，毕竟，他的时代离神话时代，十分的靠近，而从他们的墓穴中都有那种丹药来判断，两个人应该是共同的地方。
最起码，两个人都将自己的经历使用某种方式流传了下来——战国帛书和蛇眉铜鱼。而吴邪们正是追寻着这两个线索，逐渐揭开了这扑朔迷离的面纱。
在这个故事里，吴邪一行人来到塔木托寻找西王母城。在这里最麻烦的不是血尸或者机关，而是热带雨林中的蛇。生活在这里的鸡冠蛇能够模仿人类说话，吴邪胖子不仅吃了大亏，连闷油瓶都被蛇咬了。
在第八卷的结尾，吴邪与三叔重遇，得到了文锦留下的另一盘录像带。录像带中传来的号角声是闷油瓶进入青铜门时的吴邪所听到的。
在这之后，吴邪遇到了文锦。文锦告诉他，其实三叔在西沙就已经死了，活下来的人是解连环。一直在他身边的人是解连环而非三叔。吴邪在废弃疗养院看到的那个怪物其实是尸化的霍玲，并且文锦也会慢慢变成那个样子。
文锦莫明消失在天石的洞孔之中，闷油瓶也不知为何受了刺激而导致失忆。
盗墓笔记6——阴山古楼，不一样的历险，不一样的诡秘，“金三角”坚不可摧，再战巴乃！当闷油瓶不再身世成谜，是否意味着一切将如剥丝抽茧？讲述的是：
盗墓笔记3——修订版
在十万大山的腹地，在广西巴乃，为了帮助闷油瓶找回记忆，吴邪与胖子再入险境，搜集西沙事件残存的蛛丝马迹。
死而复生的考古队队员，充满奇怪气味的铁块，离奇暴毙的当事人……经由盘马老爹的口述，一切更加扑朔迷离。而噩梦只是刚刚开始，他们几入魔湖，发现了位于水下数百米的瑶族古寨，发现了隐藏其中的汉式大院，更发现了比古墓更令人胆寒的所在！惊竦的事件远不止此：铁人葬、雷王像、石中影、活人祭……他们九死一生，“它”的意图如此不可捉摸……
这个被水淹没的千年瑶寨到底隐藏了怎样的大阴谋？随着麒麟文身与古寨的呼应，闷油瓶的身世前所未有地明朗起来……
盗墓笔记7——邛笼石影，最后的盛宴开始：吴邪的反击！ 讲述的是：回到北京，我们和老九门后人的约见正撞上拍卖会，由于误“点天灯”，我们不得不携拍卖的玉玺逃走。然而，随后交换到的消息，却令双方都大吃一惊!
神秘失踪的考古队，闷油瓶非同寻常的身份，连续多年收到的录像带……所有的秘密，最后竟都指向同一处！为了得到这一切的答案，吴邪和闷油瓶兵分两路，前往四川和广西。 样式雷上的张家古楼究竟承载了怎样的过往？幕后操纵的势力难道另有其人？折损了老九门上代全部精英的墓穴吴邪将如何面对？嗜血的毛发、移动的铁衣、诡异的浮雕……谜题终结之前的最后一步，一切问题的答案，就在这道石壁后！
盗墓笔记8——大结局（本书包含上、下册），《盗墓笔记》收官之作，全盘托出张家古楼隐藏的所有秘密，终极揭秘前七本《盗墓
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