乔布斯的30岁和40岁生日都是同硅谷名人及各界名流共同庆祝。但是，2005年，在他做完癌症手术后，妻子为他的50岁生日举办了一个惊喜派对，主要邀请了他最亲密的朋友和同事。派对在朋友们位于旧金山的家中举行，著名大厨爱丽丝·沃特斯呈上了来自苏格兰的鲑鱼、北非名菜库斯库斯，还有各种田园时蔬。沃特斯回忆说：“场面温馨亲密极了，大人小孩都坐在一起。”娱乐活动是一出即兴表演，由《对台词》（WhoseLineIsItAnyway?）的演员表演。乔布斯的好朋友迈克·斯莱德（MikeSlade）也去了，还有来自苹果公司和皮克斯的同事，包括拉塞特、库克、席勒、克劳、鲁宾斯坦和泰瓦尼安。
在乔布斯病休期间，库克把公司打理得很好。在他的带领下，苹果公司个性十足的员工们表现良好，同时，库克又避免让自己进入公众视线。在某种程度上，乔布斯喜欢强势的人，但是他从未真正让他人代理自己的工作或分享自己的舞台。做他的替补很难，出风头了该死，不出众也该死。库克成功避开了这些危险。在发号施令时，他冷静果断，但同时，他并不追求别人的注意与喝彩。“有些人反感什么好处都算在史蒂夫头上，但是我对这些从来都不在乎，”库克表示，“老实说，我希望自己的名字从不出现在报纸上。”
乔布斯病假结束回到苹果后，库克重新做回自己以前的工作——紧密地整合苹果公司各个行动部门，也依然平静地面对乔布斯的怒气。“我知道，人们会把史蒂夫的一些评论误会成大叫大嚷或干脆反对，但事实上那只是他表达激情的方式。我就是这样面对他的情绪化作风的，我从不觉得他是在针对我。”在很多方面，库克都和乔布斯截然相反：他镇定，情绪稳定（正如NeXT机器中安装的辞典所解释的那样），属于土星型而非水星型的。“我是个谈判髙手，但他可能比我更好，因为他大胆又冷静。”乔布斯后来表示。又夸赞了库克几句之后，乔布斯不动声色地说出了自己的保留意见，“但蒂姆本身不是搞产品的人。”他是认真的，但很少这么说。
2005年秋，乔布斯任命库克为苹果公司的首席运营官。当时他们共同飞往日本，乔布斯并没有征询库克的意见，直接告诉他说：“我决定让你担任首席运营官。”
那段时间里，乔布斯的老朋友乔纳森·鲁宾斯坦和阿维·泰瓦尼安决定离开苹果。他们分别是硬件和软件方面的团队管理者，1997年，乔布斯回归苹果后重新聘用了他们。泰瓦尼安已经赚了很多钱，准备退休。“阿维是个出色的家伙，人很好，比鲁比更踏实，不自大。”乔布斯说，“阿维的离开是苹果公司的一个巨大损失，他独一无二，是个天才。”
鲁宾斯坦的离职略有争议。他对于库克的晋升感到不满，也因为他在乔布斯手下工作了9年，身心疲惫。他们的争吵越发频繁。还有一个实际问题：鲁宾斯坦曾多次与乔尼·艾弗发生冲突，艾弗曾在鲁宾斯坦手下工作，现在直接向乔布斯汇报。艾弗经常挑战工程制造的极限，作出目眩神迷但难以实现的设计。鲁宾斯坦天性谨慎，他的工作则是用一种可行的方式来组建硬件，于是他常常否决艾弗的设计。话说回来，鲁比以前是在惠普工作，”乔布斯说道，“他从来不会深入探究，他没什么进取心。”
有一次，苹果需要为PowerMacG4制作用来固定提手的螺丝。艾弗认为这些螺丝也应该进行抛光和塑形。但鲁宾斯坦认为，这样做的成本将是“天文数字”，而且会将项目推延数周，于是否决了这个想法。他的工作是提供产品，也就意味着有权衡决策的权力。艾弗认为这种做法不利于创新，于是直接越过鲁宾斯坦找到乔布斯，同时还绕过他联系中级工程师。“鲁比会说，不能这么做，会拖延工期。我就说，我觉得可以。”艾弗回忆道，“我也确实知道可以，调为我已经背着他找过产品团队。”在这次和其他事件中，乔布斯都站在艾弗这边。
有时，艾弗和鲁宾斯坦互不相让，几乎大打出手。最后，艾弗跟乔布斯说：“选我还是他。”乔布斯选择了艾弗。至此，鲁宾斯坦已经准备离开。他和妻子在墨西哥购置了一处地产，他想休息一段时间，在那儿建造一个家。后来，他进入奔迈公司（Palm）工作，该公司想要与苹果公司的iPhone竞争。对于奔迈公司聘请自己的前员工，乔布斯十分偾怒，开始向波诺抱怨。波诺是一家私人股本集团的联合创始人，该集团由苹果公司前首席财务官弗雷德·安德森掌管，并持有奔迈公司的控股杈。波诺给乔布斯回信道：“你应该淡定点儿。你这样就好像披头士因为赫尔曼的隐士（Herman-sHermits）乐队带走了自己的巡演工作人员而发毛一样。”乔布斯后来承认自己反应过度。“他们的彻底失败减轻了这件事造成的伤害。”他说。
乔布斯建立起了一支新的管理团队，争议更少，服从更多。除了库克和艾弗，主要成员还包括：斯科特·福斯托（ScottForstall），运营iPhone软件；菲尔·席勒，负责市场营销；鲍勃·曼斯菲尔德（BobMansfield），制作Mac硬件；埃迪·库埃，处理网络服务I以及彼得·奧本海默（PeterOppenheimer）,担任首席财务官。虽然这一顶级管理团队的成员看似一样——都是中年白人男性，但他们风格各异。艾弗情绪化，富有表现力；库克如钢铁般冷静；他们都知道自己应该对乔布斯恭敬有加，但同时也需要反驳他的想法并乐于与之争论。这个平衡很难拿捏，不过他们都做得很好。库克说：“我很早就意识到，如果你不说出自己的意见，他就会把你赶走。他会采取对立的立场以激发更多讨论，因为这样做可能会带来更好的结果。因此，如果你不习惯反对他的想法，那么就无法在苹果待下去。”
自由发表意见的重要场所是每周一上午的管理团队会议，上午9点开始，持续三四个小时。库克会用10分钟作图表展示，说明公司的运转状况，之后大家会就公司的每样产品进行广泛讨论。讨论的重点常常着眼于未来：每款产品接下来该怎么做，应该开发哪些新东西？乔布斯会利用这个会议加强苹果公司的共同使命意识。这种集中式控制，使得苹果公司犹如一个完好的苹果产品那样紧密整合在一起，并且防止了部门之间的斗争，这种斗争令分散式管理的企业陷于窘境。
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