政变的部队有近卫师团和第一师团各7000人，另外从仙台和宇都宫调来了第2、第14师团所属部队6000人，总数近24000人。29日上午，荒木、真崎两位陆军大将为避免叛乱部队遭到武装镇压，前往戒严司令部进行交涉，但遭到拒绝，戒严部队参谋石原莞尔将两名大将赶出了司令部。在他们离开后，香椎司令官再次提出避免“皇军自相攻击”，但杉山元坚决不同意，要按天皇敕令以武力讨伐。东京街头的坦克车装上高音喇叭，不停地广播nhk著名播音员中村宣读的《告军官士兵书》。这份由戒严司令部发布的声明称：“现在归复原队，仍为时不晚；抵抗者全部是逆贼，射杀勿论；你们的父母兄弟在为你们成为国贼而哭泣。”与此同时，飞机在政变部队上空盘旋撒下《告军官士兵书》的传单，劝诱政变部队回归营房。
叛军此时已在严冬中坚持了3天，疲惫不堪，士气消沉。在听到广播、拾到传单后，纷纷脱离了叛军，返回原部队。策动叛乱的军官见大势已去，也未加以阻拦。这些军官随后被戒严部队拘捕，集中到陆军省大院。关押他们的统治派的军官冈村宁次预想并期待他们自尽，已让第一卫戍医院的护士兵准备好消毒药水和脱脂棉，还准备了30多口棺材，但叛乱军官拒绝自尽，想要通过公审来“揭露军阀的阴谋”。
铁腕处理
陆军首脑部吸取相泽案件公审的教训，对政变主谋实施军法审判，审判过程不公开，不设辩护律师，一审即终判。由于二二六事件直接威胁到了天皇的统治权，因此对叛乱军官的处置也异乎寻常的严厉。7月5日，军法会议判处在政变中起领导作用的矶部、香田等17名军官死刑。有意思的是，宣判里一点没有提到谋杀罪，判刑的唯一根据是，这些军官犯了未经天皇批准而擅自动用皇军之罪。在幕后支持暴动的北一辉和西田税，以及砍杀永田的相泽三郎也被处死。其余的士官和士兵则被免予处分，因为他们只不过是遵从上级的命令。这次对政变军人惩处的严厉程度，远远超过了此前历次的处理。
达到了政变的目的
一千五百多名热血的日军陆军中、下级军官的政变失败了，但是他们政变的目的却在他们被处死后达到了，这有没有讽刺性的意味？
因为温和派、保守派的主要重臣被杀，冈田首相也不再好意思继续任职，引咎辞职。天皇已经意识到如果再继续用温和派、保守派的老头子来组阁，那么保不准还会有第二次、第三次政变，必须任用一些有担当、果断、铁腕、独裁的中壮年人物。
皇道派发动政变时所积极追求的目标，例如军部独裁、国家政权法西斯化，在政变失败后反而得以实现。这不仅是因为同属法西斯派别的统制派牢牢掌握了军部大权，而且内阁也被以新首相广田弘毅为首的文官法西斯集团所控制。
1948年，70岁的广田成为东京审判被绞死的唯一文官战犯。主要罪状即：广田三原则，确立了军国体制。
广田三原则的实质是中华停止抗日活动，抛弃依赖英美政策，与日本合作；中华要承认伪满洲国，借以促进华北与“满洲”的经济文化关系；中华应与日本合作，“防俄”、“防共”。
对于日本陆军在二二六事件中的角色，以及在随后日本法西斯化中的作用，抱有左派观点的井上成美海军大将在日本投降前曾经有过一番很有意思的讲话：“陆军动辄把自己大肆吹嘘成什么‘皇国的中流砥柱’，事实上，正是陆军……最终把日本拖入了灾难。所谓的‘中流砥柱’，就是中国的黄河上有几块挺立在河中、顽固阻挡潮流前进的顽石。从这个意思去理解的话，陆军也不愧是真正的‘中流砥柱’啊！”
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