后来，后出于对鱼肉人民的朱明宗室的憎恶，同时也为了防止别人用正统旗帜拥立朱元璋的子孙发动叛乱，张献忠下达了追杀蜀王宗室的命令，凡王府室支，不分顺逆不分军民，是朱姓者尽皆诛杀。
张献忠先是下令所控制的各郡县起送王府宗室，共抓获王府宗室暨家口数万人皆杀之，接着派遣部众搜捕蜀王府宗室，连那些藏匿在深山穷谷的也被捉住杀害。
经此一役，朱元璋在四川的宗室子弟，如同在其他各地藩王宗室一样，几乎被屠戮殆尽。
在大肆屠杀朱元璋子孙的同事，张献忠对投降官员则采用顺之者用，逆之者杀得策略。巡抚龙文光、巡按刘之渤、华阳县令沈云祚、崇庆州知州王励jīng、蒲江县令朱蕴锣、双流县令李甲、新都县令包某都被斩杀。
如此，蜀王宗亲与明朝在四川官僚体制因为双方的愚昧偏见，被屠戮殆尽。
现在张献忠已经占领成都，大有席卷全川之势，对这一点，众人都心知肚明。
更为要命的，顺庆府，保宁府等地兵马甚少，就像这顺庆府，除了杨昭所部500余兵马外，其他的不过2千多人，且绝大多数没有上个战场，没有见过血
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