京国子监等衙门，为向北京运粮重开海运，迁徙他处富民到北京。因为海运风险较大，朱棣又于永乐二年下令疏通运河。永乐四年（1406），他下诏修建北京宫殿，从四川、湖广、江西、浙江、山西等地采集木材。不过这次并没有提出迁都，而是以准备北巡的名义。
真正表明朱棣迁都决心的是在永乐七年（1409）。这一年，朱棣巡幸北京。这次巡幸，朱棣在自己身边设置了行在六部、都察院，与南京各自形成一套系统。另一件事更可以彰显他的心迹，即为徐皇后在北京选建陵寝。徐皇后于永乐五年（1407）病逝。对于这位与他同甘共营建紫禁城所用斗尺苦、患难与共的徐皇后，朱棣并没有把她安葬在南京，而是在北京昌平为她建造陵寝，也就是后来他也下葬的长陵。细细品味，就会发现朱棣已经决计要回到他兴起的地方。
经过十几年的经营，北京的经济得到了繁荣，疏通的运河保证了粮食的运输，北京周边的军事防御力量也得到了加强等，这些前期措施使得迁都北京水到渠成。永乐十四年（1416）十一月，朱棣公布了迁都的想法，自然得到了朝臣的一致拥护。永乐十五年（1417）开始大规模营建北京，至十八年基本完工，前后用了三年多的时间，永乐十九年（1421）正式迁都北京。
然而事情并非一帆风顺。永乐十九年四月初八日，北京新宫中的奉天、谨身、华盖三大殿遭雷击起火，化为灰烬。朱棣以为是上天示警，下诏求直言反省。其实许多大臣家在南方，本来就不愿意迁都，因此借此事交相上疏反对迁都。朱棣很不满，甚至杀死了言辞激烈的萧仪。反对迁都的大臣不再敢指责皇帝，转而攻击那些拥护迁都的大臣。
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