主城区最早适合人居的空间。早在大约6500~4000年前，玄武湖就与南京人的生活发生了联系，在鼓楼岗的北阴阳营、小红山以东的锁金村和安怀村一带都发现过新石器时代晚期到青铜时代的人类聚落遗址。史载东汉建安末年，诸葛亮出使江东路过秣陵(今南京)，作出“钟山龙蟠，石头虎踞，此乃帝王之宅也”的风水评价，由此，“钟山龙蟠”和“龙脉”之说成为人们对“钟山”的美誉。迄今在钟山南麓还有吴开国皇帝孙权的“蒋陵”、明开国皇帝朱元璋的“孝陵”、民国首任“临时大总统”孙逸仙先生的“中山陵”等重要陵墓遗存。玄武湖在六朝时面积比现在要大到2倍左右，而且直接与长江相通，湖中可以成为水军训练场所。大约从东晋开始，玄武湖已经得到多次整治与建设。特别是南朝时期，皇朝在玄武湖中及周边大兴园林，区域内先后有过上林苑、华林苑、乐游苑等著名皇家园林。
南唐大臣曾想把湖占为己有
隋唐时期，南京的城市地位一落千丈，玄武湖也被冷落。大书法家颜真卿任升州刺史时，一度改玄武湖为“放生池”。不少著名诗人如李白、杜牧、韦庄、李商隐等，面对玄武湖地位的沧桑巨变大发感慨，如李白有“空余后湖月，波上对江州”之句。到南唐时期，玄武湖一度复兴，以致南唐大臣冯谧贪恋湖中“名目胜境，掩映如画”，而向皇帝提出将湖赠给他为私园的请求，此事因遭到徐玄的阻止才作罢。此时的钟山同样得到朝廷的重视。后主李煜在这里建“报慈道场”，权臣李建勋在此大兴亭榭，自称“钟山公”，其妻亦自称“钟山老媪”。然而，因远离城市，两宋至元代的近400年间，钟山及玄武湖均未受重视。这一时期，南京城的北城墙在今珠江路以南一线，今北门桥是当时的城墙北门所在。钟山、玄武湖都在东、北郊。玄武湖在北宋年间一度还被江宁府尹王安石“废湖为田”，直到元代才逐渐蓄水还湖。200多年后复活的玄武湖面积比之六朝时期已大为缩小。
明代它被辟为皇家禁区
钟山和玄武湖的真正复兴应是在明代。明代对这两片区域有3个重大影响。
一是把这两个区域分别建成了“禁区”。由于成为洪武帝朱元璋的陵寝所在，整个钟山周围以长20多公里的红墙为界隔，又以数千人组成的“孝陵卫”驻守保卫，闲杂人等不得进入；玄武湖则于洪武初年成为贮存全国人口、田亩档案(时称“黄册”)的“黄册库”所在，也禁止民众入内。
二是把城墙建到了钟山脚下和玄武湖南岸、西岸一侧，使钟山、玄武湖与主城区及覆舟山、鸡笼山之间多了一道无法逾越的屏障，彻底改变了六朝以来南京城市北部山水相连的视觉景观，同时也阻断了玄武湖此前与长江的连通，使玄武湖的水面进一步缩小。
二是把城墙建到了钟山脚下和玄武湖南岸、西岸一侧，使钟山、玄武湖与主城区及覆舟山、鸡笼山之间多了一道无法逾越的屏障，彻底改变了六朝以来南京城市北部山水相连的视觉景观，同时也阻断了玄武湖此前与长江的连通，使玄武湖的水面进一步缩小二是把城墙建到了钟山脚下和玄武湖南岸、西岸一侧，使钟山、玄武湖与主城区及覆舟山、鸡笼山之间多了一道无法逾越的屏障，彻底改变了六朝以来南京城市北部山水相连的视觉景观，。
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