五人为伍，二伍为什，外立什长一名。三什为队，外立队长一名。三队为哨，外立哨官一员。五哨为总，外立把总一员。五总为营，俱属主将一员，与高标旗森、哨探健步、书医家丁等役，俱统领之。举一营而各营无不同也，举一总一哨一队，而各总哨队无弗同也。”这就是营、总、哨、队、什的编制。
戚继光的《纪效新书》卷一《束伍篇》是营—司—队—什，只是把“总”称“司”。
徐光启的《兵法条格》则称5人为伍，25人为队，5队为哨，5哨为部，5部为营。又把“总”称为“部”。一营编制为3000人左右。
尹峰有着在吕宋岛的实战指挥经验，觉得按早当时通信条件，基层部队指挥层次不能太多，但也不能太少——否则发布命令根本传达不到士兵个人耳朵里。而且基本部队人数也不能太多，否则对军官、士官、士兵的素质要求太高，尹峰的部队是刚刚组建的菜鸟部队，没法对他们要求这些军事素质。
于是折中之后，采用了营—哨—队—什的体制，10人为什，什长正副各一人；三个什为队，队长正副各一，管辖35名士兵；五队为哨，哨长一正二副，管辖200名士兵；五哨为一营，营长一正二副，管辖1200人。现在的护卫队正好是一个营的编制。各部队军官以营长、哨长、队长、什长为名，避免用朝廷的把总、千总或指挥、小旗等名号，以免刺激某些人的神经或引起朝廷的警觉。
至于监军系统的人员，现在只让原先的疍民水手担任，不过监军已经派到了哨一级。由于现在部队初建，而且一切规章制度不同于明朝卫所军，也不可能招收到官军军官，所以军官人手奇缺，所以监军一般就是基层部队二把手。
第二天中午，临时编成的两哨400名护卫队员已经集中在营门口了。这些都是选拔出来的训练尖子。
尹峰在他们面前走了几个来回，平息了一下自己的情绪，大声宣布：“弟兄们，你们很多人都是跟着我从吕宋岛杀出一条血路才活到现在的！我们不会再任人宰割，绝不会再让番夷洋鬼子随便屠杀！现在，红毛夷抢了我们两条船，杀了我们几十号弟兄，还要在我们家门口抢我们的地盘、抢我们的生意，弟兄们，怎么办？”
“杀！”400号战士一齐发出怒吼。
尹峰一挥手：“出发！”
400号人的部队携带了10门4磅炮，用牛车拉着。便于行军作战的炮车还没制造出来，也只能先这样了。另外还有100多名辅助兵携带弹药粮草一齐出发，前往“台北港”登船。
整个公司全都动员起来，无数的人前来帮忙运送物资。400名火枪手中有50名携带新式燧发枪，并且，所有人都配发了铳剑——刺刀。这是刺刀的第一次实战运用，尹峰因此只带了50杆长矛上路，希望看看刺刀的第一次实战。
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