乘“武藏”号战列舰返回日本国内
就在“武藏”号返回日本的5月21日，日军大本营正式公布了山本五十六的死讯，并追授其大勋位、功一级、正三位和元帅称号，东京广播电台的播音员以低沉悲痛的语调对外宣布：“昭和18年4月18日上午7时许东京时间，联合舰队司令长官山本五十六海军大将，在视察所罗门群岛前线时突遭米国飞机偷袭，不幸以身殉国”电台播放了哀乐，东京街头上人们说话都压低了声音，大家都不敢去想象失去山本五十六的日本将是一个什么样的日本山本五十六的继承人古贺峰一对此评价道：“山本五十六只有一个，谁也不能替代他，他的死对于我们是一个难以承受的打击”
6月5日，日本方面在东京的日比谷公园为山本五十六举行了国葬，之所以选择这一天，是因为山本五十六最崇拜的东乡平八郎元帅也是在这一天举行葬礼的这一天军旗飘扬，刀剑如林，日军仪仗队迈着整齐的步伐在东京的街道上面走过，后面是一辆缓缓行驶的炮兵弹药车，山本五十六的骨灰就被放置在上面渡边安次手捧着山本五十六的指挥刀，低垂着头，一脸悲戚地走在车子后面有近百万的东京市民排列在街道两旁，悲痛地看着山本五十六的灵柩通过
至于联合舰队司令一职，先是由副司令近藤信竹中将代理，4月25日才由古贺峰一大将正式接替虽然古贺峰一是山本五十六生前指定的联合舰队司令一职的继承人，但是他的能力和胆识根本没办法与山本五十六相提并论，这就导致联合舰队无力扭转每况愈下的战局，山本五十六曾经苦心经营的联合舰队最终走向了覆灭之路
小日本方面把山本五十六之死称之为“海军甲事件”，并开始着手进行调查，他们也曾怀疑过自己的密码被破译，于是就用无线电故意拍发草鹿任一中将赶赴前线视察的电报作为试探但是美军方面识破了小日本的意图，在电报中提及的时间和航线上，没有出现一架美军飞机因此日军认为密码绝对可靠，山本五十六之死纯属偶然就这样，小日本损失了最优秀的战略家和海军舰队统帅，却依然没有发现密码已被破译
山本五十六这位大日本帝国海军之花的凋零，对于被宣传机构蒙骗，以为日军自从开战以来不断高歌猛进的日本民众来说，无异于晴天霹雳，所造成的精神打击是难以估量的日本政府因此也被迫承认美军的军事能力正在迅恢复，甚至开始了反击这一事件对于日本海军乃至日本军民的打击之大，不亚于损失了一艘级战列舰或者重型航母，这是自从太平洋战争爆发以来小日本所遭受的一次最为沉痛的打击之一，美军终于报了珍珠港的一箭之仇
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