，只能被迫撤退，先回到湖广再做打算。
相对于云南的胜利，在江西、广东和福建一带战斗的郑森带领的三十多万军队被满清三十万主力军队打的大败，满清军中洪承畴亲自指挥在冷僧机与遏必隆的配合下先是引诱郑森在地形低的地方摆开阵势后决堤放水淹了郑森的八万铁甲兵和二十几万部队。
惨败后的郑森在几个亲信部下的保护下死里逃生，他带着残部逃回福建福州，重整部队，聚集收拢了十万士兵，而他的父亲郑芝龙也在这个时候病故了。
过了几个月，郑森面对洪承畴等人带领的三十万满清军队主力的大兵压近，感觉自己大势已去，立刻退到自己的战船之上，抛弃了小船，带着四、五百艘大战船往台湾撤退，去成就他那民族英雄的名声去了。
正当洪承畴准备粮草物资准备带领大军攻打云南的时候，突然孝庄皇太后和顺治皇帝召他回北京商量大事，一起召回的还有多尔博、谭泰、冷僧机和遏必隆等武将，显然是不知道发生了什么事情让孝庄皇太后和顺治皇帝着急的将他们招了回去，沐、桂联军在云南暂时没有了倾覆的危险。
北京皇宫里，孝庄皇太后和顺治皇帝商量着前几日失了势的多尔衮旧部密谋造反的事情和前线大将们的去留问题，那些多尔衮旧部多是两白旗的人，其实他们也不是造反，不过是想自立门户将自己失去的势力夺回来。被满清朝廷的密探知道了报告给孝庄皇太后和顺治皇帝。孝庄皇太后和顺治皇帝立刻就派人将这些不安分的多尔衮旧部全都杀的杀，关的关，放的放。
孝庄皇太后和顺治皇帝最担心的就是多尔博、谭泰两个对多尔衮忠心的将领有什么异动，而洪承畴是汉人，对于汉人他们心里毕竟是有些不放心，现在大局以定的时候就不必再让他执掌兵权了。
洪承畴、多尔博、谭泰、冷僧机和遏必隆等人从前线回来，多尔博、谭泰被孝庄皇太后和顺治皇帝降职调用，而洪承畴则被孝庄皇太后和顺治皇帝留在北京，冷僧机和遏必隆等人则被派往前线指挥大军。
本来是军中统帅和副统帅的多尔博和谭泰俩人成了冷僧机和遏必隆的属下让两人不服气，但是也没有办法，皇命如此，俩人只好从命。
当满清军积极准备军队的时候，沐天波和已经当了皇帝的桂王则积极备战并派出一部分兵力深入缅甸建立自己的势力，准备万一战败的退路。
在北京皇宫，孝庄皇太后和顺治皇帝看到各地发来的奏章，终于重视起了各地的反对满清的地下势力，尤其是湖广、广东、广西等地，反对满清的地下势力尤其猖獗，简直就是除了城市和重兵区外所有的地方都不受他们的控制，而他们大军一到，反抗他们的军队就撤退了，到处都是迎接满清军的顺民。而他们大军一走，这些地界就又成了反抗军的天下了。而且这种情况已经开始蔓延到福建、江西、河南等地方，眼看再不想办法，整个夺取的天下都不是满清所能控制的了。但是面对这样的局面他们也没有有效的办法，只有加大剿灭反抗军的力度，让满、汉、蒙八旗军和绿营军频繁出动剿匪。
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