1998.第一部\梦的逆袭
立志成为第一流的神奇宝贝大师小智他们依然继续踏上旅程。（）1,这天当小智与训练家的战斗结束之后他们收到一封由快龙送来的神秘招待券。招待券里面写着：『你们是最被看好、最有前途的神奇宝贝训练家我以最强的神奇宝贝训练家的身份邀请你们来参加我的宴会。』「最强的神奇宝贝训练家？」好奇的小智他们毫不考虑地朝向新岛的神奇宝贝城出！当一行人到达港口时却因为天候不佳前往新岛的船只暂停行驶。港口管理员波佳为了不让神奇宝贝和他们遭到任何的意外坚决不让众人出航女警君莎也赞同波佳的看法。
「没问题！我们有神奇宝贝！」出声的是一位名叫海男的男孩他打算搭乘神奇宝贝渡海而另外两位训练家空男和小甜也附和海男的作法搭乘神奇宝贝渡海。正当小智烦恼无法前往新岛之际港口出现了一艘小船船上维京人打扮的船家答应在小智他们渡海。正当众人在海中央之时突然一个大浪打来让操纵小船的船家露出了真面目。什么？竟然是火箭队那三个捣蛋鬼！！正当火箭队要说出那套可爱又迷人的台词之时小船竟然被大浪打翻了！小智和小霞赶紧叫出杰尼龟和宝石海星让众人紧捉才不至于被大浪卷走。至于火箭队嘛……就和从前一样「好讨厌的感觉啊～」
在到达新岛之后一名长的很像神奇宝贝中心护士乔伊的女子带领小智一行人前往神奇宝贝城。海男、空男和小甜果然已经到了。当领路的女子介绍最强的神奇宝贝训家出场时没想到出现在众人面前的竟然是……梦？
1999年.路基亚的爆诞
小智、小霞、小健及皮卡丘一行人来到了橘子群岛在路途上遇到了暴风雨把他们吹到了亚西亚岛上来到这里刚好村民在举行祭典在祭典上小智从芙萝拉的口中听到一个古老的传说“火之神、雷之神、冰之神不可以擅自触及否则天地的愤怒将令世界走向灭亡”。这时坏人为了达到自己的目标抓洛奇亚不惜破坏这个古老的传说在祭典上芙萝拉要小智成为拯救世界的人但必须得到三样宝物这三样宝物分别在火之岛、雷之岛、冰之岛。小智去火之岛的路途中却遇到暴风雨这时候芙萝拉认为是她让小智走向危险的地方所以芙萝拉、小霞、小健就决定去找小智．这时在火之岛的小智与皮卡丘要离开时遇到火箭队而就在火箭队要强夺皮卡丘时芙萝拉一行人刚好来到。芙萝拉与小智说话的同时闪电鸟出现在火之岛就在皮卡丘用它的电击与闪电鸟说话时坏人出现了它把闪电鸟的能源吸收后就抓了闪电鸟连同小智一行人也被抓了。到底小智等人会如何呢？
2ooo年.结晶塔的帝王
小智的口袋妖怪与炎帝展开了激烈的战斗但终究是不禁k幸亏此时为了帮助小智的喷火龙及时赶到利用强大的火焰攻击与飞行能力不断攻击但最终炎帝还是凭借着未知图腾神奇的力量打败了喷火龙就在要解决喷火龙的一瞬小莉终于醒悟阻止了炎帝正在这一切向大结局展的时候未知图腾却因失去了小莉的意识而暴走了！炎帝帮助小莉与小智他们一路脱逃来到了未知图腾的所在地但所有的攻击在未知图腾群的精神力量下全都无效。最后炎帝舍身攻击在小莉信赖的意识下终于打乱了未知图腾的活动。结晶城恢复了原样小莉的爸爸妈妈也回来了只是那存在又消失了的炎帝到底是真身还是一个瞬间的幻影呢？我们不得而知……
2oo1年.雪拉比穿越时空的遭遇
在电影开始开篇场景被设置在4o年前的一片大森林中。一个叫小羽的男孩想进去那个森林去画画,在森林内,小羽遇到了被神奇宝贝猎人追捕并受重伤的雪拉比,当他们被神奇宝贝猎人追的走投无路的时候,雪拉比带着小羽到了4o年后(也就是现代),正好小智他们在这森林里,他们救了小羽,小羽告诉了小智他们关于雪拉比的事,小智他们救了雪拉比,并和他成为了好朋友.
与此同时火箭队的三干部之一比夏斯也在寻找着并打算捕猎雪比拉。他
比夏斯拥有能将一切神奇宝贝变得凶恶的黑暗球将雪拉比自小智他们的身边夺走。为了拯救被比夏斯捕捉的雪拉比小智与小羽拼命奋战。可是温柔的雪拉比已经生了很大的变化……
激烈的对战中传说中的神奇宝贝水君出现了！小智他们能否拯救雪拉比和森林呢！？
2oo2年.水都的守护神
传说从图书馆的小偷开始……
水都小精灵水上冲浪比赛拉提亚斯[1]想帮小智结果小锯鳄却走错方向。小霞以微弱差距获得冠军。
亚军载小智等人游览水都并讲述这个城市的美丽传说。
现桑兰与莉奥的火箭队决定先她们一步成为新的小偷no.1。
桑兰与莉奥追捕变成*人形卡侬的拉提亚斯小智英雄救美拉提亚斯跑得无影无踪。
小智等人参观博物馆看到真正卡侬小智上前搭话被骂。小智一路追赶卡侬又遇到了变成*人形卡侬的拉提亚斯被带入神秘花园。
小智与卡侬和博物馆的爷爷化解误会了解心灵水珠的美丽传说回去与小霞、小刚汇合。
桑兰与莉奥行动开始！拉提奥斯为了救拉提亚斯被抓住心灵水珠也被抢走。拉提亚斯变成*人形跑去找小智求援在小霞、小刚面前现出真实面目。
武藏小次郎依然肩负起跑龙套的重任……
莉奥利用拉提奥斯与心灵水珠的力量开始飙。
小霞、小刚被突然出现的铁栅栏困住小智与拉提亚斯勇往直前摆脱复活的化石神奇宝贝的追杀终于救出拉迪奥斯但此时心灵水珠借由古代机器动的巨大潮水即将摧毁城市……
已是奄奄一息的拉提奥斯为了保护水都和妹妹而牺牲。
小智等人将心灵水珠放回原位。
最后码头边卡侬送给小智一幅画并与小智一吻告别……
当然还有桑兰与莉奥在牢中继续研究着她们未来的小偷事业武藏小次郎则继续着他们未来的跑龙套事业……
2oo3年.七夜的许愿星
千年一次的彗星之夜里愿望将会实现……
立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那来到恩斯游乐场并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中小胜听到一阵细微的呼唤声…
那是在〝沉眠之茧〞中沉睡了千年可帮助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚如果遇到拥有纯真心灵的伙
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