但这一脆弱的平衡被辛亥革命所打断，随着武昌起义的枪声响起，刚刚被正式委派为总税务司的英国人安格联以确保如期偿付到期外债、赔款为理由剥夺海关税款保管权，以总税务司名义出头，强令将各处海关的关税收入存入汇丰银行，并强调没有总税务司的指令任何人不得动用。由于清政府当时处于革命风暴的风雨飘摇中，为了换取虚无缥缈的“国际干涉”不但同意将南方各处已落入革命党人之控制地海关关税保管权移交给税务司，就连在北方、仍处于清政府掌握中的其余海关关税保管权（比如天津）也移交给税务司。而支持安格联此项行动的则是以朱尔典为首的公使团。
凡事总有例外，李汉攻占了湖北、四川之后，两省海关关税虽然还在江海关的控制下，但随后军政府的免税、减税以及同奥德两国之间的合作，都以偷税、漏税等诸多手段强势回击海关总税务司的控制，西藏之战引起的中英冲突之中，他更是援引逐条例，认定安格联控制下的海关总税务司没有资格保管中国税务，拒绝了各地税务将海关总税务司移交新税款。之后他控制下的各省都是如此，尽管没有明确反对英国的关税控制权，但却剥夺了英国人的保管权，始终存在西部储备银行之中。也是因此她才得罪了英国人，令英国失去了长江中上游沿岸十省的关税控制权，江海关的势力已经大大衰减了不少。这是总税务司不愿意看见地。
李汉抵京担任临时大总统后，新入主中国最高权力舞台的他因为实力的不足，最终接受了英使巴尔特的斡旋，总税务司和其控制下的十多省方面也实现了谅解，李汉承认总税务司对于其境内地海关拥有统一领导权，而总税务司则承认其对自己控制地区对于关余有自由支配权，可不必存入汇丰银行，并且松了口任命了不少华人加入总税务司高层，令英人的控制力下降了不少。由于川鄂等省是货物进出口要地，再加上李汉很早就废除了很多苛税和厘金，其控制下省份的进出口贸易额不但没有因连年战争而受到影响，反而他控制地区的不断增多而上涨（当然也有一部分是因为成本较低，分流了临近几省关税而导致）。西部自治政府之所以日子比较好过，不仅因为有一众重工、实业造血，海关的控制权也是裨益甚多。
现在为了拉拢中国，同时英国也是担心中国加入同盟国后武力收回关税，接管总税务司。于是英使巴尔特再一次做了中间人，为中英两国搭建了关税谈判渠道，在双方各退一步后，新的协议又达成了。中国做出的退让是：“中国、政府废除已设海关方圆50里地内的常关(即内陆征税机构)，将其征税权力一体纳入于当地海关；中国、政府承认，今后倘若自行开放商埠、设立海关，则一体纳入总税务司监管范围……”，而总税务司则发表声明：“鉴于中国政局趋于稳定，中国、政府做出了履行一切国际条约和义务的庄重承诺，本总税务司即日起即将海关关税剩余部分存入中国中央储备银行，由中国、政府财政部支配；总税务司同时承认自1911年以来各地海关人员的变更。”9月3日，安格联发表声明：“……为充实海关力量，总税务司决定举行海关特别文官考试。”双方同时一致声明：“双方承认，中国、政府及其相应机构对海关缉私负有义务，总税务司对于缉私工作负有领导和监察之责。”
当然，海关关税控制权只是中英在关税问题上对立地冰山一角，更为要害和致命地则是关税税率制定问题。自鸦片战争清政府战败求和并签订《江宁条约》后，中国关税主权开始遭受侵夺：其一，从订约的内容来看，自通商五口税则订定之后，中国不得自定征税则例，实际上海关进口税由洋人说了算，一直保持逢百抽五；其二，进口货之内地通过税，受“不得过某分”地限制，只准值百抽2.5，而国货所需要缴纳的厘金大大高过此数，实际上是对国货予以歧视性待遇；其三，由于银价跌落，而关税税则多年不得更改，真实关税连5都不到，只有23左右，在大量廉价国外工业品的倾销下，若不是辛亥革命以后有西部质量越来越高、生产成本越来越低且价格越来越低的工业品做殊死抵抗，民国刚刚展露了萌芽的轻工业早就奄奄一息了。
就这样年订定的旧税则一直施行到1901年缔结《辛丑条约》为止，前后44年未曾修改一次，中国关税权力丧失殆尽。在此44年间，清政府也曾两次要求修改，都因国力孱弱而无结果，中国日益成为列强倾销商品的市场。直到《辛丑条约》签定时，为筹议赔款，洋大人们方“恩准”清政府要求加税的要求，但即便这样，也不容许对税率加以变更，只说将值百抽五的税则增加“切实”二字，自民国政府成立以来，虽然一直也有更改税则的建议，但列强根本没有放在眼里，阻力最多的就是英国。
现在英国点了头，中国总算是将海关过半的权力收了回来。余下的相信也不远了！
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