里的官员已经被收服，又有不少人被派去积累经验，为今后政策的延续奠定着基础，他终于可以腾出手来处理此事了。
而在这段时间里，唐枫也并没有对这卫所里的弊病不管不顾，他早就秘密地让锦衣卫的密探对全国上百个卫所进行了暗中的调查，现在证据已经齐全，是该秋后算帐了。一道道的兵部调令，以及圣旨不断地从大明的中枢发了出去，整顿卫所的行动开始了。
唐枫知道，相比起来，北方的官军作风比之南边要强硬一些，所以这次他便先难后易，先拿南边江浙两省开刀。因为没有了嘉靖年间的倭寇之祸，所以现在这两省的兵力已经不是太多了，再加上某些将领的侵占土地，使得官军逃跑，这两个省的兵员十不足二，正是最好的开刀对象。
不过为了防止这两省的那些将领在眼看情况不妙而铤而走险，做出什么让当地混『乱』的事情，唐枫还命人给南京的驻军下了命令，让他们随时出兵以防不测。南京毕竟不比其他省州县，它的戍卫军队的人数还是没有人敢虚报的，所以有那里人马的镇压，江浙两省的各卫所官军即便真闹事也不可能造成太大的破坏。
果然，在看到朝廷的指令之后，那些当地的军官将领就有些慌了。虽然有那几个胆子大的想要做些什么，可是随即就被南京那边虎视眈眈的大军给威吓住了。这些人被查出了贪污数万两以上的银子，朝廷自然不会放过这些人，很快就将他们都给押解到了京城，由刑部和兵部一起对他们进行定罪。
随着南方数省的卫所得到了整顿，朝廷的重点就放到了北边。这个时候那些卫所的将领已经知道了此事，他们连忙开始征召兵马，希望能在朝廷查出确切的证据之前就掩盖一切。
他们这么做显然是有些小瞧了朝廷的能力了，早在向他们下手之前，朝廷已经通过了锦衣卫的密探掌握了他们的罪证，现在只想着随便找些人来填充军队数量，完全是一种掩耳盗铃的行为。朝廷奉命前来朝察的官员在一查之下就将其中的破绽给看了出来。
有了确凿的证据，这些将领自然无法再行狡辩了，而为了提防他们狗急跳墙，辽东等重镇的兵马全都陈兵于侧，那些将领别说绝大多数没有反意，即便有也只能放弃这种心思了。要知道在他们手上的人马看似众多，可实际数量却是大大的不足，还有部分是新近才招来的普通农民，如何能是久经沙场的精兵的敌手。而且这些将领的家眷还在朝廷的控制之下，唯一可以做的只有束手就擒了。
所以很快地，南北数百卫所就有近半的千户以上的将领被押送回了京城听参定罪。
不过唐枫这一次并没有真个大开杀戒，他很清楚之所以会有今日之弊，其实是百年来就一直存在的，实在怪不得那些将领们。但军纪却要严肃，必须要让后来者有一个警醒，只有这样大明军队的战力才有希望得到提高。所以他便做出了一个比较稳妥的处置手段，这一干将领，除个别最严重的人，以及在事发之后依然有着不轨心思的人外，其他人都只是被除去了一切职务，打发回了家乡当平头百姓去了。当然，人也是杀了几个的，那些是着重宣传的典型，为的就是给那些受压榨的军士一个交代。
做完了这个，朝廷又发出了明文，向民间征召兵丁，保家卫国。这一次不再行那朱元璋时的军户制度，而是改为的募兵制，不但当兵的可以随时离开军队，就连军队也能因为兵员素质的差别而遣送走士兵。当然，如今当兵的待遇已经比之以往要高了许多，除了充足的田地之外，还有不菲的军饷可用，足够让一般的人家心动了。
其实这募兵制早在嘉靖年间就悄然盛行了，那时候为了对付倭寇，戚继光等名将就从东南各省自己招募人马，这比之当时的卫所官军战力要强得多，倭寇也正是因此而被赶回了海外，得保东南的太平。不过朝廷对此是根本不会承认的，所以很快地这些被冠以“某家军”名字的军队就最终不见了。
可是这种募兵制因为所得战士的素质要远高于子承父业的军户制度，所以还是被有心人给继承了下去，比如之前的辽东军。孙承宗当初就是看通了这一层，才会在辽东招募当地青壮组成了辽东精兵，并且一守国门就是是多年的。
这一点，不论是唐枫以现代人的思维，还是之后跟随着孙承宗学习的时候所得到的指点，都是很清楚的。所以在这一次对军队进行改革的时候，他毫不犹豫地就将之给推了出来。
军中有见识的人都深明军户制度的不合时宜，所以虽然有些微词，但阻力却并不大。在到了次年的春末之后，这种新的军队制度就得到了推广，而且被所有各省的卫所所奉行。
有自由的出入军中的前提，再加上现在当兵的所得也比以往要丰厚了许多，这使得原来对军队有着看法的百姓们也放心地让自己家的男丁当上了兵。而且现在大明的外敌已经尽数被除，当兵的危险系数大大地降低了，百姓们自然更不怕自家的孩子因为当兵出什么事了。不过一些有着偏见的人还是很多的，一些富庶的地方几乎没有子弟入伍，这却也有些头疼。
对这些情况，唐枫通过各种渠道都得到了掌握，他知道要一下子扭转百多年来大明百姓对军队的看法很不容易，能让他们不那么抵触已经很是难得了，便不再拔苗助长，只等着用时间来使这一制度完全地被天下人所接受。
解决军事方面的问题的同时，唐枫的目光还落在了更大的一件事情——农业上。中国向来以农业大国自居，而在更早的大明时，更是有八成以上的百姓是农民，没有一件事情比让农民得到实惠更重要的了。
虽然前些年由沿海地带引进的一些新的作物在东南一带的种植情况很是乐观，可是在中原地区，因为根深蒂固的思想，这些新作物并没有得到百姓们的信任。他们祖祖辈辈都靠着种五谷为生，现在突然跑出这么些从不曾见过的作物来，这让百姓们如何能够放心地种植呢？所以虽然这些作物的种子已经传到了中原各地，可实际上种植的却不过寥寥。
唐枫也明白百姓们的保守思想，但他更清楚地知道要想在粮食生产上得到突破，就必须将这些新的作物也一样大面积的种植下去。但他又不好用强硬的手段命百姓们照自己说的做，那就只有用一些委婉的办法了。
好在随着对海禁的开放，以及商业的兴旺，大明的国库已足够充盈，唐枫便借此而做出了一个决定。他让各地衙门都传下了话去，只要有那肯尝试着种植玉米和甘薯等新作物的人家，官府一律补给他
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